有機酸可通過解離出的酸根離子或者氫離子進(jìn)入細(xì)菌細(xì)胞膜內(nèi)使胞內(nèi)滲透壓增加，內(nèi)環(huán)境的酸值降低，導(dǎo)致細(xì)菌正常代謝紊亂，甚至裂解死亡，間接降低有害細(xì)菌的數(shù)量  。

例如 檸檬酸 、甲酸 、乳 酸 等，此類有機酸飼料添加劑可在水產(chǎn)動物的腸胃中起作用。其中，檸檬酸（ C 6 H 8 O 7 H 2 O ）是一種酸性較強的有機酸，可以解離出 3 個 H + ，抑菌效果較好，能夠作為飼料酸化劑。

有機酸不僅可以降低環(huán)境中的 pH 值，還可以通過破壞細(xì)菌細(xì)胞膜、干擾細(xì)菌酶的合成、影響細(xì)菌 DNA 的復(fù)制等達(dá)到抑菌的目的。如甲酸（ Formic acid ）它可以破壞細(xì)胞膜的通透性、阻礙細(xì)胞的分解和合成等，使細(xì)菌處于休眠狀態(tài)甚至死亡。

有機酸可以在胃內(nèi)促進(jìn)有益微生物如乳酸菌類的生長，使其在適宜的條件下充分繁殖。乳酸菌數(shù)量增多后會奪取大量的養(yǎng)分和空間，破壞大腸桿菌等必要生存條件而致其死亡。有機酸（二甲酸鉀）還可有效抑制水產(chǎn)動物體內(nèi)病原微生物大腸桿菌（ Escherichia ）、沙門氏菌（ Salmonella ）等有害菌的增殖，從而達(dá)到防止水產(chǎn)動物疾病和促進(jìn)生長的目的。

有機酸的抑菌方式可分為體外抗菌和體內(nèi)抑菌，不同有機酸抑菌機理有相似之處，也各有不同。有機酸對水產(chǎn)病原菌副溶血弧菌（ Vibrio parahaemolyticus ）、嗜水氣單胞菌（ Ae-romonas hydrophila ）、熒光假單胞菌（ Pseudomonas fluorescens ）具有顯著持續(xù)的抑制作用。

有機酸以水體潑灑的方式進(jìn)入養(yǎng)殖環(huán)境中，通過吸附、氧化或者絡(luò)合 Pb 、 Cd 、 Cu 、 Zn 等重金屬，緩解重金屬的毒性。

不同有機酸作用于重金屬鎘的試驗結(jié)果表明，酒石酸、草酸、甲酸、檸檬酸、乙酸都有利于重金屬 Cd 2+ 向交換態(tài)轉(zhuǎn)變，在一定范圍內(nèi)質(zhì)量摩爾濃度增加，解毒效果越好，其中檸檬酸和乙酸的效果最好。

有機酸除了能一定程度地降解重金屬外，還可增加水中的氧氣，改善黃顙魚的厭食癥狀。此外，有機酸還可使養(yǎng)殖廢水中的分子氨轉(zhuǎn)化為 NH 4 + ，然后結(jié)合氨離子生成穩(wěn)定的銨鹽，降低水中有毒氨的毒性。甲酸和檸檬酸等還可加速污染水質(zhì)中磷的轉(zhuǎn)化。