微生物群在腸道健康中具有重要功能，它可以通過(guò)附著在上皮壁中的粘液層，形成保護(hù)上皮細(xì)胞的屏障。許多共生菌和致病菌粘附于粘液層中的復(fù)合碳水化合物里。

腸道粘液中的微生物對(duì)腸道健康起到重要作用

而共生細(xì)菌的粘附，會(huì)防止條件性致病菌的定植。這是腸道粘液層的定植抗性或保健作用。微生物群中的細(xì)菌會(huì)產(chǎn)生多種不同的化合物，包括維生素（維生素K和B族維生素），揮發(fā)性脂肪酸（乙酸、丁酸和丙酸），有機(jī)酸（乳酸）和抗菌化合物（細(xì)菌素）。微生物群為動(dòng)物提供了保護(hù)和營(yíng)養(yǎng)。

良好的腸道健康對(duì)家禽養(yǎng)殖實(shí)現(xiàn)目標(biāo)生長(zhǎng)速度和飼料轉(zhuǎn)化率是非常重要的。Garcia等（2007）報(bào)道，與對(duì)照組（絨毛高度1088um）相比，肉雞飼糧中添加甲酸的絨毛最長(zhǎng)（添加甲酸0.5%和1.0%組的絨毛高度分別為1273和1250 um）。類似地，還是在這個(gè)試驗(yàn)中，飼喂含甲酸（1%）飼糧的肉雞空腸隱窩深度比抗生素組更深（266 Vs 186 um）。因此，添加甲酸會(huì)同時(shí)增加腸絨毛高度和隱窩深度。已經(jīng)證明短鏈脂肪酸可以刺激正常隱窩細(xì)胞的增殖，促進(jìn)健康組織的周轉(zhuǎn)和維持。

揮發(fā)性脂肪酸和乳酸也具有高效的抗菌活性，特別是對(duì)革蘭氏陰性病原體如大腸桿菌和沙門氏菌非常有效。因此，若能在大腸中擁有產(chǎn)生這些酸良好環(huán)境，有利于保持動(dòng)物健康。

由微生物群產(chǎn)生的幾種代謝物，也會(huì)刺激腸道中的神經(jīng)內(nèi)分泌細(xì)胞，因此，微生物群對(duì)腸道功能的內(nèi)分泌調(diào)節(jié)中起著重要作用。腸道微生物群通過(guò)促進(jìn)飼料的最佳消化和吸收，調(diào)節(jié)能量代謝，預(yù)防粘膜感染，調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)，對(duì)宿主體內(nèi)穩(wěn)態(tài)起到調(diào)節(jié)作用。

反之，如果微生物群失衡，就會(huì)出現(xiàn)微生態(tài)失調(diào)的情況。微生態(tài)失調(diào)，會(huì)導(dǎo)致細(xì)菌病原體，如豬禽中的沙門氏菌和家禽中的彎曲桿菌的生長(zhǎng)，導(dǎo)致人類食品的污染。在家禽中，菌群失調(diào)也表現(xiàn)出腸屏障滲漏和腸道炎癥。